尽管全省现代农业呈现较快发展势头，但由于历史欠账较多，农业物质基础薄弱、生态环境恶化、产业发展基础脆弱、体制机制约束等问题还比较突出，资源禀赋、粮食生产等优势尚未有效转化为经济优势。率先实现农业现代化，必须着力破解制约发展的关键问题。

　　农户经营规模小。全省人均耕地面积3.16亩，从事适度规模经营的家庭农场、种植大户等新型经营主体发育迟缓，土地经营碎片化，严重制约着农业规模化、机械化、标准化、科技化发展。盘活土地资本步伐缓慢。

　　土地资源约束大。中低产田占耕地的69.4%，其中，低产田209.73万公顷，占37.6%，低产耕地产量仅为高产田的60%。同时由于长期资源利用方式粗放，耕地过度垦殖，黑土地资源沙化、碱化、退化严重，耕层有机质呈逐年下降状态。

　　自然风险加剧。全省旱涝保收高标准农田比重仅为20%左右，有效灌溉面积比重低于30%，均位居全国下游行列。1998—2013年间，有8年遭受严重旱灾，因灾造成粮食产量波动近400万吨，其中，2007、2009两年的谷物单产因灾比上年下降40—80公斤/亩。在全球气候变暖趋势下，干旱成为制约吉林省农业现代化建设的首要问题。

　　农机装备层次低。农作物耕种收综合机械化水平达77.9%，但全程农机化程度和水平较低，大型农机装备不足，玉米收获机2.9万台，水稻插秧机4.4万台，水稻收获机1.74万台，玉米机收、水稻机插仍然是种植业机械化作业的薄弱环节。园艺机械化还处于发展停滞阶段。

　　科技支撑能力弱。科技成果转化缓慢，科研开发与实际需要脱节，科技成果应用率只有57%，前瞻性、创新性研发不足。种子研发能力不强，没有培育出具有一定影响力的种子企业。现有公益科技服务体系，人员老化，机制僵化，难满足市场需求。新型社会性服务组织没有发育起来。

　　农村金融服务滞后。农村金融服务机构不足，农民从事规模种植养殖经营的信贷、保险、资产评估等金融服务严重缺乏。现有信贷产品利息高、期限短、手续繁杂。农村产权制度改革推进缓慢，农民没有有效抵押物。农村存贷差大，大量资金从农村转移到城市和工商业。

　　农业产业化经营水平低。农产品加工链条短、精深加工不足等问题依然突出。中小企业众多、领军型企业偏少，产业集中度低下。2014年全省销售收入超过百亿、亿元的龙头企业数量分别有4家、229家，在粮食主产省位居中游。全省农产品加工产值仅为农业生产环节2倍左右，远低于发达国家4倍的水平。农业大而不强的问题始终存在。

　　农产品品牌发展培育不足。到2014年，获国家驰名商标和中国名牌117个，获中国地理标识54个，获吉林省著名商标和省级名牌479个，无公害、绿色、有机产地认定和产品认证3348个。农产品著名品牌数量、知名度和市场影响力与发达省份差距大，特别是围绕吉林具有产业优势和资源特色的玉米、水稻、大豆、肉猪、肉牛、梅花鹿、人参、长白山特产品等，没有培育打造一批具有吉林资源特色、得到国内国际市场认可度高，市场覆盖广、竞争力强的吉林农产品“名优特”品牌。

　　农村劳动力素质下降。农村劳动力大量转移，务农劳动力素质结构性下降，与2003年比全省农业劳动力从业人员减少40万人以上，全职青壮年农业劳动力比重已降至10%，直接从事农业生产的农民平均年龄超过55周岁，农业兼业化、农民老龄化、农村空心化问题突出。加快培育和发展职业农民已成当务之急。

　　农民持续增收难度大。在农民人均收入构成中，家庭经营收入占71%，农民收入与农产品价格、生产成本关联度高。面临着农产品特别是玉米等价格高于国际市场近1倍及黄箱政策补贴比例的“天花板”下行压力大。农业生产资料、人工成本、土地租金和物流成本高企，成本的“地板”上升，通过提高农产品价格、加大生产补贴办法来增加农民收入已不可持续。同时由于粮食生产与税源建设不配套，地方政府重农抓粮的积极性并不高，在新常态下对农业支持和投入将可能萎缩，将对农民收入稳定和增长造成不可低估影响。